TSK凝膠色譜柱是一種高性能的色譜柱，其工作原理主要基于成分分子大小、電荷和親水性的差異。當混合物通過色譜柱時，較小的分子可以進入凝膠顆粒內部的孔隙中，而較大的分子則只能在顆粒外部流動。因此，具有較小分子量或較大電荷的分子會首先從凝膠層中通過，而具有較大分子量或較小電荷的分子則需要更長時間才能通過，從而實現混合物中不同分子的分離。
1、溶脹：商品凝膠通常是干燥的顆粒，需要在使用前在洗脫液中充分溶脹一至數天。如果在沸水浴中將濕凝膠逐漸升溫到近沸，則溶脹時間可以縮短到1~2小時。溶脹必須完q，否則會導致色譜柱的不均勻。
2、裝柱：由于凝膠的分離是靠篩分作用，所以凝膠的填充要求很高，必須要使整個填充柱非常均勻。在裝柱前，可用水浮選法去除凝膠中的單體、粉末及雜質，并可用真空泵抽氣排出凝膠中的氣泡。最好購買商品中的玻璃或有機玻璃的凝膠空柱，在柱的兩端皆有平整的篩網或篩板。將柱垂直固定，加入少量流動相以排除柱中底端的氣泡，在加入一些流動相于柱中約1/4的高度。柱頂部連接一個漏斗，頸直徑約為柱頸的一半，然后在攪拌下、緩慢的、均勻地、連續地加入已經脫氣的凝膠懸浮液，同時打開色譜柱的毛細管出口，維持適當的流速，凝膠顆粒將逐層水平式上升，在柱中均勻地沉積，直到所需高度位置。最后拆除漏斗，用較小的濾紙片輕輕蓋住凝膠床的表面，再用大量洗脫劑將凝膠床洗滌一段時間。
3、柱均勻性檢查：凝膠色譜的分離效果主要決定于色譜柱裝填得是否均勻，在對樣品進行分離之前，對色譜柱必須進行是否均勻的檢查。由于凝膠在色譜柱中是半透明的，檢查方法可在柱旁放一至于柱平行的日光燈，用肉眼觀察柱內是否有“紋路”或氣泡。也可向色譜柱內加入有色大分子等，加入物質的分子量應在凝膠柱的分離范圍，如果觀察到柱內譜帶窄、均勻、平整，即說明色譜柱性能良好；如果色帶出現不規則、雜亂、很寬時必須重新裝填凝膠柱。
4、上樣：凝膠柱裝好后，一定要對柱用流動相進行很好的平衡處理，才能上樣。凝膠柱的上樣也是一個非常重要的因素，總的原則是要使樣品柱塞盡量的窄和平整。為了防止樣品中的一些沉淀物污染色譜柱，一般在上柱前將樣品過濾或離心。樣品溶液的濃度應該盡可能的大一些，但如果樣品的溶解度與溫度有關時，必須將樣品適當稀釋，并使樣品溫度與色譜柱的溫度一致。當一切都準備好后，這時可打開色譜柱的。
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