凝膠色譜柱其充填介質化學穩定性好，不易發生由于官能基脫落而導致樣品組分洗脫位置變化的現象。盡管如此，由于柱子的反復使用，在長時間使用后，樣品組分的洗脫情況還是會發生改變的。其原因與樣品中極微量的附吸物在柱中的蓄積有關。特別由于生物樣品組分復雜，這種吸附現象時有發生。（非特異性吸附）當觀察到這樣的現象后，應使用合適的溶劑將蓄積的吸附物質去除，以恢復柱子的性能。
凝膠色譜柱的儲存方法：
1.將凝膠柱用蒸餾水沖凈后充上0.02%-0.05%的疊氮鈉水溶液封存,或三氯丁醇(0.015%) 苯基汞代鹽(0.001-0.01%)將色譜柱封閉后低溫保存(溫度在5℃左右)在冰箱。
2.再次使用時,用蒸餾水將保護溶液沖洗掉即可使用。
3.如果第二天還要使用也要從系統中取下，將柱封閉后存于4~8度的冰箱中冷藏。
經常使用的凝膠以濕態保存為主，為了避免凝膠床染菌，可加少許氯防、苯酚或硝基苯等化學物質，它可以使色譜柱放置幾個月至一年。凝膠的干燥應先對凝膠運行浮選，除去細小的顆粒，并用大量水洗，除去鹽和污染物，然后逐步增加一春濃度使凝膠收縮，在60~80度干燥，在整個操作過程中的蒸餾水、器皿和房間必須干凈。瓊脂糖凝膠的干燥操作比較麻煩，并且干燥后還不容易溶張，所以一般仍以濕態保存為主。
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